Protein Folding@Home monitor (SuperKaramba theme)

[graphi]

Είμαι στην ευχάριστη θέση να σας ανακοινώσω ότι η πρώτη δημόσια έκδοση του Protein είναι πλέον γεγονός!

Πρόκειται για ένα νέο superkaramba theme το οποίο εμφανίζει τα στατιστικά του folding@home. Μία σημαντική δυνατότητα του Protein είναι ότι δέχεται θέματα ώστε να προσαρμόζεται εύκολα στα προσωπικά γούστα του χρήστη.




Τέλος μία ακόμα αξιοπρόσεκτη δυνατότητα είναι και τα δυναμικά θέματα τύπου b που ενσωματώνονται σε αυτή την έκδοση. Αυτό σημαίνει ότι ένα απλό «κλικ» στο λογότυπο του θέματος αλλάζει τα στατιστικά.




Επειδή με τα χρώματα, τα σχήματα και γενικότερα με την τέχνη δεν τα πάω καλά -όπως θα παρατηρήσατε και από τις παραπάνω φωτογραφίες-, η δημιουργία και δημοσίευση των δικών σας θεμάτων αποτελεί πολύτιμη βοήθεια· αφού μέχρι και τα φόντα του mrsaccess δεν μπόρεσαν να ισοσταθμίσουν την κακογουστιά μου

DOWNLOAD!

README:

Τι είναι το Protein;

Το Protein είναι ένα θέμα για το superkaramba με χρήση του οποίου γίνετε δυνατή η παρακολούθηση των στατιστικών του folding@home.
Τι είναι το superkaramba; http://en.wikipedia.org/wiki/Superkaramba
Τι είναι το folding@home; http://en.wikipedia.org/wiki/Folding_at_Home

Διαδικασία εγκατάστασης.

Η διαδικασία εγκατάστασης είναι η απλούστερη, αν όχι η ευκολότερη.

1. Κατεβάζουμε στον υπολογιστή μας το αρχείο Protein-x.xx.tar.gz και το αποθηκεύουμε σε ένα κατάλογο της επιλογής μας
2. Αποσυμπιέζουμε το αρχείο Protein-x.xx.tar.gz και εξάγεται ο κατάλογο Protein-x.xx
3. Μεταφέρουμε τον αποσυμπιεσμένο φάκελο όπου μας βολεύει
4. Τροποποιούμε το αρχείο Protein-x.xx/Protein.xml
   Αλλάζουμε την διαδρομή που υπάρχει στο tag path με αυτή του καταλόγου που είναι εγκατεστημένη η κονσόλα.
   

   [...]
   <FAHClient>
   	<path>/opt/foldingathome/client1/</path>
   </FAHClient>
   [...]

5. Εκτελούμε το αρχείο Protein-x.xx/Protein.theme με το superkaramba

Διαδικασία δημιουργίας νέου θέματος.

Τα θέματα του Protein αποτελούνται από ένα κατάλογο που περιέχει όλα τα απαραίτητα αρχεία. Στο μενού επιλογής θεμάτων, τα ονόματα προέρχονται από την ονομασία του καταλόγου του θέματος. Στον κατάλογο των θεμάτων πρέπει να υπάρχει ένα σωστό σε σύνταξη αρχείο που καθορίζει την εμφάνιση του Protein με όνομα config.xml .Ο τρόπος που επεμβαίνουμε στο config.xml αναλύεται παρακάτω. O κατάλογος Path_To_Protein_Theme/themes/examples/ περιέχει παραδείγματα όλων των τύπων που υποστηρίζονται από το Protein και τα οποία προορίζονται για πρότυπα δημιουργίας νέων, των δικών σας θεμάτων. Για την δημιουργία νέου θέματος η διαδικασία είναι η ακόλουθη: Για παράδειγμα αντιγράφουμε τον κατάλογο Path_To_Protein_Theme/themes/examples/Full.v1.1.StyleC/ στο Path_To_Protein_Theme/themes/ ,αλλάζουμε το όνομα Full.v1.1.StyleC/ με ένα της αρέσκειάς μας, επεξεργαζόμαστε το αρχείο config.xml, κάνουμε αποθήκευση και τέλος εκτελούμε το Protein ή το κλείνουμε και το ξανανοίγουμε αν εκτελείτε ήδη. Πιέζουμε το δεξί κουμπί του ποντικιού όταν ο κέρσορας βρίσκετε στο Protein ~> Ρύθμιση Θέματος ~> επιλέγουμε το θέμα μας και βλέπουμε το αποτέλεσμα!

Τύποι θεμάτων.

a: δεν αντιστοιχεί σε κανένα τύπο μέχρι στιγμής και υπάρχει για μελλοντική χρήση.
b: το θέμα αποτελείτε από τρεις σελίδες. Η πρώτη περιέχει τα στατιστικά της πρωτεΐνη, η δεύτερη τα στατιστικά του χρήστη και η τρίτη τα στατιστικά της ομάδας του χρήστη. Ακόμα αυτός ο τύπος έχει ένα τίτλο και μία εικόνα. Ο τίτλος παρέχει ένδειξη για το ποια σελίδα είναι φανερή και είναι θερμή περιοχή παρέχοντας έτσι τη δυνατότητα της άμεσης ανανέωσης των στατιστικών. Η εικόνα είναι θερμή περιοχή και αλλάζει σειριακά τις σελίδες.
c: το θέμα δεν έχει σελίδες και εμφανίζει όλα τα στατιστικά μαζί.

Επεξήγηση του config.xml

<Author></Author>
Το tag Author εσωκλείει γενικές πληροφορίες για τον δημιουργό. Τα περιεχόμενα του δεν επηρεάζουν την εμφάνιση του θέματος αλλά είναι απαραίτητη η ύπαρξη τους. Αν δεν θέλετε να συμπληρώσετε τα στοιχεία σας θα πρέπει τουλάχιστον να υπάρχει η τιμή None. Πιο συγκεκριμένα αποτελείτε από:
<author></author> Όνομα δημιουργού του θέματος
<author_email></author_email> Διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου του δημιουργού του θέματος
<homepage></homepage> Διεύθυνση δικτυακού χώρου του δημιουργού του θέματος
<version></version> Έκδοση του θέματος
<license></license> Άδειας χρήσης

<Mode id='Theme'><Mode>
Το tag Mode με όνομα Theme περιέχει γενικές πληροφορίες για την εμφάνιση του θέματος και αποτελείτε από τα επιμέρους tags:
<version></version> Η έκδοση του διαχειριστή θεμάτων που θα χρησιμοποιηθεί. Οι τιμές μπορεί να είναι “1” ή “1.1” ή “1.1.1” Ο διαχειριστής θεμάτων στην έκδοση 1 είναι πειραματικός, ασταθής, δεν υποστηρίζεται και υπάρχει για λόγους συμβατότητας· ως εκ τούτου δεν συνιστάτε η χρήση του.
<w></w> Το πλάτος του θέματος σε εικονοστοιχεία.
<h></h> Το ύψος του θέματος σε εικονοστοιχεία.
<i></i> Η συχνότητα ενημέρωσης του θέματος και των στατιστικών σε χιλιοστά(!) του δευτερολέπτου.
<f></f> Το όνομα της γραμματοσειράς.
<s></s> Το μέγεθος της γραμματοσειράς
<c></c> Το χρώμα της γραμματοσειράς. Η τελική απόχρωση απαρτίζεται από τα χρώματα κόκκινο, πράσινο, μπλε με τιμές από 0 – 255 και χωρισμένες με το χαρακτήρα ,
<sw></sw> Η απόσταση που χωρίζει τα γράμματα από την σκιά τους.

<Mode id='Menu'><Mode>
Το tag Mode με όνομα Menu είναι υπεύθυνο για την εμφάνιση του μενού.
<Item id="MenuStyle"></Item> Ο τύπος του θέματος. Οι τιμές που μπορεί να πάρει είναι: a, b, c.
<Item id='Image'> Περιέχει πληροφορίες για την θερμή εικόνα του θέματος με τύπο b.
<x></x> Η θέση της εικόνας στον άξονα χ των εικονοστοιχείων.
<y></y> Η θέση της εικόνας στον άξονα ψ των εικονοστοιχείων.
<v></v> Το όνομα του αρχείου της εικόνας.
</Item>
<Item id='Title'> Περιέχει πληροφορίες για τον τίτλο του θέματος με τύπο b.
<x></x> Η θέση του τίτλου στον άξονα χ των εικονοστοιχείων.
<y></y> Η θέση του τίτλου στον άξονα ψ των εικονοστοιχείων.
<w></w> Το πλάτος του κειμένου του τίτλου
<h></h> Το ύψος του κειμένου του τίτλου
<v1></v1> Η συμβολοσειρά που θα εμφανίζεται στην σελίδα με τα στατιστικά της πρωτεΐνης.
<v2></v2> Η συμβολοσειρά που θα εμφανίζεται στην σελίδα με τα στατιστικά του χρήστη.
<v3></v3> Η συμβολοσειρά που θα εμφανίζεται στην σελίδα με τα στατιστικά της ομάδας.
<s></s> Το μέγεθος της γραμματοσειράς του τίτλου.
<c></c> Το χρώμα της γραμματοσειράς.
<f></f> Το όνομα της γραμματοσειράς.
<sw></sw> Η απόσταση που χωρίζει τα γράμματα από την σκιά τους.
</Item>
<Item id='Background'> Περιέχει πληροφορίες για το φόντο του θέματος.
<x>0</x> Η θέση του φόντου στον άξονα χ των εικονοστοιχείων.
<y>0</y> Η θέση του φόντου στον άξονα ψ των εικονοστοιχείων.
<v></v> Το όνομα του αρχείου της εικόνας φόντου.
</Item>

<Mode id='Progress'> Περιέχει πληροφορίες για την εμφάνιση των στατιστικών της πρωτεΐνης.
<Mode id='Self'> Περιέχει πληροφορίες για την εμφάνιση των στατιστικών του χρήστη.
<Mode id='Team'> Περιέχει πληροφορίες για την εμφάνιση των στατιστικών της ομάδας του χρήστη.
Κατά κύριο λόγο τα τρία τελευταία Modes περιέχουν, όσο αναφορά την υπόσταση των αντικειμένων, ετικέτες κειμένου και για αυτό η συμπεριφορά τους θα μελετηθεί μία φορά αφού είναι ίδια.
<Item id=''> Το tag Item με μοναδικό όνομα που προσδιορίζει σε ποιο αντικείμενο μεταφέρει τις ιδιότητες και για αυτό το λόγο δεν θα πρέπει να αλλαχθεί.
<x></x> Η θέση της ετικέτας κειμένου στον άξονα χ των εικονοστοιχείων.
<y></y> Η θέση της ετικέτας κειμένου στον άξονα ψ των εικονοστοιχείων.
<w></w> Το πλάτος της ετικέτας κειμένου.
<h></h> Το ύψος της ετικέτας κειμένου.
<v></v> Η συμβολοσειρά της ετικέτας κειμένου.
<s></s> Το μέγεθος της γραμματοσειράς.
<c></c> Το χρώμα της γραμματοσειράς.
<f></f> Το όνομα της γραμματοσειράς.
<sw></sw> Η απόσταση που χωρίζει τα γράμματα από την σκιά τους.
<align></align> Η διάταξη του κειμένου. Οι τιμές που δέχεται είναι LEFT ή CENTER ή RIGHT. Αυτό το tag υποστηρίζεται από τον διαχειριστή θεμάτων έκδοσης 1.1.1 και μεταγενέστερης.
</Item>
Τέλος εκτός από ετικέτες κειμένου υπάρχει και μία μπάρα προόδου.
<Item id='BProgress'> Η σταθερή εικόνα που θα χρησιμοποιηθεί.
<x></x> Η θέση της εικόνας στον άξονα χ των εικονοστοιχείων.
<y></y> Η θέση της εικόνας στον άξονα ψ των εικονοστοιχείων.
<v></v> Το όνομα του αρχείου της εικόνας.
</Item>
<Item id='LProgress'> Η μεταβαλλόμενη εικόνα ανάλογα με το ποσοστό ολοκλήρωσης της εργασίας που θα χρησιμοποιηθεί.
<x></x> Η θέση της εικόνας στον άξονα χ των εικονοστοιχείων.
<y></y> Η θέση της εικόνας στον άξονα ψ των εικονοστοιχείων.
<w></w> Το πλάτος της εικόνας.
<h></h> Το ύψος της εικόνας.
<v></v> Το όνομα του αρχείου της εικόνας.
</Item>

[Thanasis159]

Φοβερός!!!! Μπράβο φίλε!

[graphi]

Φοβερός!!!! Μπράβο φίλε!

Ευχαριστώ πολύ!!!
Αλλά επειδή γράφεις στον ενικό ίσως να μην γνωρίζεις (μάλλον ευθύνομαι εγώ για αυτό) ότι δεν είμαι μόνος. Είναι και ο συνήθης ύποπτος, ο mrsaccess.

Όσο αφορά τώρα το πρόγραμμα.
Κάποια στιγμή θα προστεθούν δύο ακόμα δυνατότητες:

1. Ρύθμιση του path του fah client μέσω GUI και συμπίεση του θέματος σε .skz (όπως το liquid weather).
2. Υποστήριξη πολλαπλών clients.

Τέλος, ιδέες, σχόλια και οτιδήποτε άλλο είναι άκρος επιθυμητό

[alexopth69]

Ευχαριστούμε παιδιά. Θα το δοκιμάσω...
To δοκίμασα!

Παιδιά τις πληροφορίες για τις πρωτείνες από που τις παίρνει; Εχω μια 3059, μου εμφανίζει λάθος τους πόντους και μου λέει οτι έχει ολοκληρωθεί το 198%. Παραθέτω το unitinfo.txt

localhost fah # cat unitinfo.txt 
Current Work Unit
-----------------
Name: 19869 p3059_supervillin_newbox
Tag: P3059R2C70F17
Download time: August 20 03:26:26
Due time: August 22 13:26:26
Progress: 63%  [||||||____]
localhost fah #

To Protein μου εμφανίζει:
Percentage:198%
Due: 63%
Points: 1039 (το σωστό είναι 1167)

Τέλος, αν γίνεται να εμφανίζει και το όνομα της πρωτείνης (τώρα πρόσεξα ότι μάλλον παέι να το εμφανίσει, αλλά βγάζει ένα "6" στη θέση του ονόματος)

Αυτά

[graphi]

Ευχαριστούμε παιδιά. Θα το δοκιμάσω...
To δοκίμασα!

Παιδιά τις πληροφορίες για τις πρωτείνες από που τις παίρνει; Εχω μια 3059, μου εμφανίζει λάθος τους πόντους και μου λέει οτι έχει ολοκληρωθεί το 198%. Παραθέτω το unitinfo.txt

localhost fah # cat unitinfo.txt 
Current Work Unit
-----------------
Name: 19869 p3059_supervillin_newbox
Tag: P3059R2C70F17
Download time: August 20 03:26:26
Due time: August 22 13:26:26
Progress: 63%  [||||||____]
localhost fah #

To Protein μου εμφανίζει:
Percentage:198%
Due: 63%
Points: 1039 (το σωστό είναι 1167)

Τέλος, αν γίνεται να εμφανίζει και το όνομα της πρωτείνης (τώρα πρόσεξα ότι μάλλον παέι να το εμφανίσει, αλλά βγάζει ένα "6" στη θέση του ονόματος)

Αυτά

Συγνώμη για την καθυστερημένη απάντηση. Η απάντηση δεν «ήρθε» νωρίτερα γιατί το πρόβλημα βρίσκεται σε σημείο που λόγο ανωτέρας βίας δεν μπορεί να εξεταστεί εύκολα.

Λογικά μπλέκει σε κάποιες στιγμές και δημιουργείται χιονοστιβάδα με αυτό το αποτέλεσμα που περιγράφεις.
Το πρόβλημα συνεχίζεται;

[graphi]

Υπάρχει η δυνατότητα να επεξεργαστώ την περιγραφή του αρχείου http://www.adslgr.com/forum/download...o=file&id=1447;
Αν όχι θα ήταν εύκολο η τελευταία πρόταση «Οδηγίες εγκατάστασης, οδηγίες χρήσης και συζήτηση» να γίνει σύνδεσμος σε αυτή τη σελίδα;

Ευχαριστώ.

[alexopth69]

Ναι πήρε κι άλλη πρωτεϊνη και συνεχίζει τα ίδια, δες:

[graphi]

Ναι πήρε κι άλλη πρωτεϊνη και συνεχίζει τα ίδια, δες:

Δυστυχώς από bash που είναι γραμμένη η μηχανή δεν γνωρίζω ώστε να εξαλείψω τελείως το πρόβλημα. Ίσως όμως να καταφέρω να το περιορίσω στην επόμενη έκδοση.

Έχει δοκιμάσει κανείς άλλος το Protein να μας πει αν συμβαίνει το ίδιο;

[alexopth69]

Προσπάθησα να ρίξω μια ματιά στον κώδικα. Python δεν είναι; Δε βρήκα που κάνει open το αρχείο και ψάχνει τις πληροφορίες της πρωτεϊνης. Σε ποιό σημείο το κάνει αυτό; Από python δεν ξέρω μία, ξέρω όμως από C και shell scripts, μήπως μπορέσω να βοηθήσω...

[EvilHawk]

Υπάρχει η δυνατότητα να επεξεργαστώ την περιγραφή του αρχείου http://www.adslgr.com/forum/download...o=file&id=1447;
Αν όχι θα ήταν εύκολο η τελευταία πρόταση «Οδηγίες εγκατάστασης, οδηγίες χρήσης και συζήτηση» να γίνει σύνδεσμος σε αυτή τη σελίδα;

Ευχαριστώ.

Done!

[A_gamer]

Επειδή με τα χρώματα, τα σχήματα και γενικότερα με την τέχνη δεν τα πάω καλά -όπως θα παρατηρήσατε και από τις παραπάνω φωτογραφίες-, η δημιουργία και δημοσίευση των δικών σας θεμάτων αποτελεί πολύτιμη βοήθεια· αφού μέχρι και τα φόντα του mrsaccess δεν μπόρεσαν να ισοσταθμίσουν την κακογουστιά μου

Μάριε, εσύ το πρόσθεσες αυτό;

[graphi]

Προσπάθησα να ρίξω μια ματιά στον κώδικα. Python δεν είναι; Δε βρήκα που κάνει open το αρχείο και ψάχνει τις πληροφορίες της πρωτεϊνης. Σε ποιό σημείο το κάνει αυτό; Από python δεν ξέρω μία, ξέρω όμως από C και shell scripts, μήπως μπορέσω να βοηθήσω...

Ναι, κατά κύριο λόγο είναι γραμμένο σε python, αλλά η μηχανή η οποία προσφέρει τα στατιστικά στο υπόλοιπο πρόγραμμα είναι σε shell.

Συγκεκριμένα το θέμα εκτελεί:

./info /dir/to/fah/ options

Για παράδειγμα:

./info /opt/foldingathome/client1/ username team point
s wu userTeamRank globalRank protein proteinValue proteinProgress proteinSince proteinDue teamRank teamPoints teamWUs teamName proteinSerial runningTime remainingTime teamMembers
GraPhi
36673
10234
50
229
125034
p3405_dpdp-ii TIP3P ff03
206.00
52%
May 16 11:46:14
July 13 11:46:14
49
33375772
174714
ADSLgr - Greek aDSL Users
3405
2347h 42m
2167h 6m
922

Τα options μπορείς να τα δεις στη γραμμή 264 του Protein.py
Τώρα για κάποιο λόγο που δεν γνωρίζω εσένα πρέπει να σου εμφανίζει 2 μηνύματα του grep στην αρχή, να αφήνει κενή τη γραμμή των πόντων και να «ξεχνά» μια αλλαγή γραμμής ανάμεσα στο globalRank και protein νομίζω.

Το GUI πρόσωπο του Protein από την άλλη, θεωρεί τη πρώτη γραμμή το username (εσένα όμως εμφανίζει μήνυμα του grep), την δεύτερη τον αριθμό της ομάδας ... κτλ

Θα μπορούσα να περιορίσω το πρόβλημα λέγοντας στο gui να μην αναγνωρίζει τα στατιστικά από τον αριθμό της γραμμής αλλά από τον τίτλο τους. Και στη μηχανή να εξάγει τα στατιστικά με τίτλο. π.χ.:

<username=GraPhi>

Τώρα για το πως διορθώνετε δεν έχω ιδέα αφού για να καταλάβεις δεν ξέρω ούτε σε πια γραμμή κώδικα «δυσκολεύετε» η μηχανή.



θα χαιρόμουν τα μάλα άμα γύρναγα και έβρισκα ένα patch ή οτιδήποτε από οποιονδήποτε.
Μπορεί να μην έχω χρησιμοποιήσει ποτέ patch αλλά κάποια στιγμή πρέπει να γίνει και αυτό.

Δυστυχώς για ένα διήμερο δεν θα έχω Internet γιατί θα φύγω και ίσως προλάβω να απαντήσω σήμερα αργά το μεσημέρι άμα χρειαστεί. Αλλιώς μετά από δύο μέρες.

[graphi]

Done!

Thanks

Μάριε, εσύ το πρόσθεσες αυτό;

Όχι, εγώ.
Αλλά αυτό που λες είναι άκρος φυσιολογικό και δικαιολογημένο
Η μόνη σχέση που έχω με την τέχνη είναι ότι την καταστρέφω σαν μύκητας...

[Iannis]

Τι είναι το superkaramba?

[graphi]

Τι είναι το superkaramba?

[...]
Τι είναι το superkaramba; http://en.wikipedia.org/wiki/Superkaramba
[...]

Edit: [
Αν θυμάμαι καλά έχεις Sabayon;
Gentoo τρόπος:

# emerge -pv superkaramba

]