Το έλυσα!

Τελικά δεν έφταιγε το δίκτυο ούτε οι κάρτες, ήταν πρόβλημα στους δίσκους του server και συγκεκριμένα με το AHCI που για κάποιο λόγο δεν λειτουργούσε σωστά. Εγκατέστησα το Intel Matrix Storage Manager και το πρόβλημα λύθηκε.

Επιτέλους, τέτοιο εκνευριστικό troubleshooting για τόσες εβδομάδες, δεν έχω ξανακάνει!