for loop for perl

[trotos]

μετά από τα παρακάτω θέματα, έχω ακόμα ένα πρόβλημα.
ορίζω αρχεία που βρίσκονται σε φάκελο ως:

#!/usr/bin/perl
use File::Path;
use warnings;
use strict;
my $path = $ENV{HOME};
	my $desktop_path = "$path/Desktop";
		my $PeakDir = "$desktop_path/BioProject";
		my $RepeatDir = "$desktop_path/repeatfiles";
	mkpath($PeakDir);
#open peak file downloaded and saved to PeakDir folder, and read contents
opendir (peakDir, "$PeakDir") || die "can't opendir $PeakDir: $!";
my @peakfiles = readdir (peakDir);

και πάω να αρχίσω να επεξεργάζομαι κάθε αρχείο ως;

#for (my $i=0; $i<=scalar("@peakfiles")-1;$i++);

και τρώω ήτα. δεν το βλέπει καλά. τι λάθος κάνω; και γιατί;

[trotos]

επιπλέον βλέπω ότι εάν πάω να "εκτυπώσω" το πρώτο στοιχείο που υπάρχει στα peakfiles μου βγαίνει λάθος.

print "1st file in array is: $peakfiles[0]\n";

#δε μου δίνει κάτι, μόνο τελείες.

[trotos]

κανείς;

[imitheos]

και πάω να αρχίσω να επεξεργάζομαι κάθε αρχείο ως;

#for (my $i=0; $i<=scalar("@peakfiles")-1;$i++);

και τρώω ήτα. δεν το βλέπει καλά. τι λάθος κάνω; και γιατί;

επιπλέον βλέπω ότι εάν πάω να "εκτυπώσω" το πρώτο στοιχείο που υπάρχει στα peakfiles μου βγαίνει λάθος.

print "1st file in array is: $peakfiles[0]\n";

#δε μου δίνει κάτι, μόνο τελείες.

Συνδυάζοντας τα δύο παραπάνω έχουμε

for (my $i = 0; $i <= scalar(@peakfiles)-1; $i++) {
        print "$i file in array is: $peakfiles[$i]\n";
}

Δοκίμασε αυτό και δες τι σου βγάζει. Οι δύο πρώτες καταχωρήσεις είναι ο τρέχων κατάλογος και ο πατρικός κατάλογος δηλαδή . και .. οπότε αν δεν έχεις άλλα αρχεία λογικό να βλέπεις μόνο τελείες.

[boeotian]

Μην γράφετε perl με ανάπηρο τρόπο

Δοκίμασε αυτό να δεις την λίστα των αρχείων σου. Απλά πράγματα:

foreach my $file (@peakfiles) {
  print "$file\n";
}

Δε βλέπω κάποιο πρόβλημα στον κώδικά σου. Θα βοηθούσε αφάνταστα να μας πεις πιο ακριβώς είναι το πρόβλημά σου.

[Mosfet]

Μην γράφετε perl με ανάπηρο τρόπο

Χαχαχα, θεός!!!

Πέρα από την πλάκα όμως, πράγματι το for της perl χρησιμοποιείται όταν θέλεις να κάνεις κάτι πιο εξειδικευμένο με τους indexes. Πιο συχνό και πιο συνηθισμένο για πράγματα που γίνονται σε κάθε μέλος ενός array, είναι το foreach, όπως πολύ σωστά είπε ο boeotian.

[boeotian]

Πράγματι, μόνο αν σε ενδιαφέρει η θέση των στοιχείων μέσα στο array θα μπορούσες να χρησιμοποιούσες ποτέ το for loop, αν και αυτό λύνεται εύκολα και με counter $i++ κάπου

Επίσης χρησιμοποίησε και αυτό:

use Data::Dumper;
print Dumper($myscalar, $myref, \@myarray, \%myhash);

Δεν πας πουθενά χωρίς Data:umper. Είναι το ευαγγέλιο σου για να δεις τι έχει μέσα η κάθε δομή με ωραία παρουσίαση.

[trotos]

ευχαριστώ για τις απαντήσεις το απόγευμα που θα έχω χρόνο θα δοκιμάσω.
@boetian

Μην γράφετε perl με ανάπηρο τρόπο

συγνώμη αλλά δεν είμαι και ο θεός του προγραμματισμού. τώρα μαθαίνω και προσπαθώ να μάθω από κάτι που χρειάζεται να γίνει.

[trotos]

Πράγματι, μόνο αν σε ενδιαφέρει η θέση των στοιχείων μέσα στο array θα μπορούσες να χρησιμοποιούσες ποτέ το for loop, αν και αυτό λύνεται εύκολα και με counter $i++ κάπου

Επίσης χρησιμοποίησε και αυτό:

use Data::Dumper;
print Dumper($myscalar, $myref, \@myarray, \%myhash);

Δεν πας πουθενά χωρίς Data:umper. Είναι το ευαγγέλιο σου για να δεις τι έχει μέσα η κάθε δομή με ωραία παρουσίαση.

το for loop με ενδιαφέρει γιατί στο επόμενο βήμα θα χρησιμοποιήσω ένα ένα τα στοιχεία, όπως παίρνουν θέση από την καταμέτρηση i για να γίνεται επεξεργασία σε κάθε ένα.

Όλα αυτά που δίνεται στην παρούσα ενότητα πάντως με βοηθάνε να μάθω να γράφω στην perl.

........Auto merged post: trotos πρόσθεσε 58 λεπτά και 40 δευτερόλεπτα αργότερα ........

Συνδυάζοντας τα δύο παραπάνω έχουμε

for (my $i = 0; $i <= scalar(@peakfiles)-1; $i++) {
        print "$i file in array is: $peakfiles[$i]\n";
}

Δοκίμασε αυτό και δες τι σου βγάζει. Οι δύο πρώτες καταχωρήσεις είναι ο τρέχων κατάλογος και ο πατρικός κατάλογος δηλαδή . και .. οπότε αν δεν έχεις άλλα αρχεία λογικό να βλέπεις μόνο τελείες.

το έκανα δούλεψε αλλά είδα ότι έχουν πάρει και καταχωρήσεις τα . και .. όπως φαίνονται στις πρώτες γραμμές:

0 file in array is: .
1 file in array is: ..
2 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksGm12878Ctcf.broadPeak.gz
3 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksGm12878H3k27ac.broadPeak.gz
4 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksGm12878H3k27me3.broadPeak.gz
5 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksGm12878H3k36me3.broadPeak.gz
6 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksGm12878H3k4me1.broadPeak.gz
7 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksGm12878H3k4me2.broadPeak.gz
8 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksGm12878H3k4me3.broadPeak.gz
9 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksGm12878H3k9ac.broadPeak.gz
10 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksGm12878H4k20me1.broadPeak.gz
11 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksH1hescCtcf.broadPeak.gz
12 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksH1hescH3k27me3.broadPeak.gz
13 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksH1hescH3k36me3.broadPeak.gz
14 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksH1hescH3k4me1.broadPeak.gz
15 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksH1hescH3k4me2.broadPeak.gz
16 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksH1hescH3k4me3.broadPeak.gz
17 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksH1hescH3k9ac.broadPeak.gz
18 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksH1hescH4k20me1.broadPeak.gz

[imitheos]

το έκανα δούλεψε αλλά είδα ότι έχουν πάρει και καταχωρήσεις τα . και .. όπως φαίνονται στις πρώτες γραμμές:

0 file in array is: .
1 file in array is: ..
2 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksGm12878Ctcf.broadPeak.gz
3 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksGm12878H3k27ac.broadPeak.gz

Εφόσον υπάρχουν φυσικά θα τα έχει και αυτά. Αν θες να μην υπάρχουν μπορείς να τα αφαιρέσεις. Ένας τρόπος που μου ήρθε στο μυαλό (χωρίς όμως να ξέρω αν είναι δόκιμος ή ανάπηρος) είναι ο εξής:

my @peakfiles = grep { ! /^\.{1,2}$/ } readdir (peakDir);

Δηλαδή αφαιρεί τα αποτελέσματα που έχουν μόνο 1 ή 2 τελείες.

[trotos]

ανεξάρτητα από το παραπάνω (την ύπαρξη των αρχείων "." και ".." προχώρησα λίγο την δουλειά ως:

for (my $i = 0; $i <= scalar(@peakfiles)-1; $i++) {
        print "$i file in array is: $peakfiles[$i]\n";
		for (my $j=0; $j<=scalar(@repeatfiles)-1;$j++) {
		print "$j file in array is: $repeatfiles[$j]\n";
		}

το αποτέλεσμα είναι αυτό.

έχει και άλλα πίσω
.
.
.
0 file in array is: .
1 file in array is: ..
2 file in array is: Class.bed
3 file in array is: Family.bed
4 file in array is: Name.bed
17 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksH1hescH3k9ac.broadPeak.gz
0 file in array is: .
1 file in array is: ..
2 file in array is: Class.bed
3 file in array is: Family.bed
4 file in array is: Name.bed
18 file in array is: wgEncodeBroadChipSeqPeaksH1hescH4k20me1.broadPeak.gz
0 file in array is: .
1 file in array is: ..
2 file in array is: Class.bed
3 file in array is: Family.bed
4 file in array is: Name.bed

πάλι τα . και .. είναι ανεπιθύμητα αλλά η σειρά με την οποία αυτά εξάγονται είναι καλή γιατί έτσι μπορώ να συγκρίνω το πχ 18 με τα 2,3,4.

όταν μετά καλώ ένα πρόγραμμα από το σύστημα ως:

system ("intersectBed", "-a", "$repeatfiles[j]", "-b", "$bedfilename[i]")

παίρνω το εξής λάθος:

String found where operator expected at /Users/sunta3iouxos/Desktop/bioinfo/myscript.pl line 149, near ""intersectBed" "-a""
	(Missing operator before  "-a"?)
String found where operator expected at /Users/sunta3iouxos/Desktop/bioinfo/myscript.pl line 149, near ""-a" "$repeatfiles""
	(Missing operator before  "$repeatfiles"?)
String found where operator expected at /Users/sunta3iouxos/Desktop/bioinfo/myscript.pl line 149, near ""-b" "$bedfilename""
	(Missing operator before  "$bedfilename"?)

[trotos]

Εφόσον υπάρχουν φυσικά θα τα έχει και αυτά. Αν θες να μην υπάρχουν μπορείς να τα αφαιρέσεις. Ένας τρόπος που μου ήρθε στο μυαλό (χωρίς όμως να ξέρω αν είναι δόκιμος ή ανάπηρος) είναι ο εξής:

my @peakfiles = grep { ! /^\.{1,2}$/ } readdir (peakDir);

Δηλαδή αφαιρεί τα αποτελέσματα που έχουν μόνο 1 ή 2 τελείες.

δε νομίζω να μου κάνει γιατί υπάρχει και η τελεία της κατάληξης των αρχείων. εκτός και αν βρίσκει μόνο τελείες.
κάποιος λάκκος υπάρχει με το file structure αλλά δεν έχω καμία ιδέα.

[boeotian]

ε
@boetian

συγνώμη αλλά δεν είμαι και ο θεός του προγραμματισμού. τώρα μαθαίνω και προσπαθώ να μάθω από κάτι που χρειάζεται να γίνει.

Συγνώμη αν σε πρόσβαλλα, αλλά ο σκοπός μου ήταν ακριβώς να επιστήσω την προσοχή στο να γράφουμε perl way.

ανεξάρτητα από το παραπάνω (την ύπαρξη των αρχείων "." και ".." προχώρησα λίγο την δουλειά ως:

for (my $i = 0; $i <= scalar(@peakfiles)-1; $i++) {
        print "$i file in array is: $peakfiles[$i]\n";
		for (my $j=0; $j<=scalar(@repeatfiles)-1;$j++) {
		print "$j file in array is: $repeatfiles[$j]\n";
		}

το αποτέλεσμα είναι αυτό.

Εγώ πάντως θα προτιμούσα ένα for:

for (my $i = 0; $i < scalar(@peakfiles); $i++) {

ή

for my $i (0..scalar(@peakfiles)-1) {

όταν μετά καλώ ένα πρόγραμμα από το σύστημα ως:

system ("intersectBed", "-a", "$repeatfiles[j]", "-b", "$bedfilename[i]")

παίρνω το εξής λάθος:

String found where operator expected at /Users/sunta3iouxos/Desktop/bioinfo/myscript.pl line 149, near ""intersectBed" "-a""
	(Missing operator before  "-a"?)
String found where operator expected at /Users/sunta3iouxos/Desktop/bioinfo/myscript.pl line 149, near ""-a" "$repeatfiles""
	(Missing operator before  "$repeatfiles"?)
String found where operator expected at /Users/sunta3iouxos/Desktop/bioinfo/myscript.pl line 149, near ""-b" "$bedfilename""
	(Missing operator before  "$bedfilename"?)

Δοκίμασε να σώσεις το αρχείο πριν το τρέξεις, γιατί το μήνυμα λάθους που έβαλες δεν έχει καμία σχέση με το system. Το μήνυμα λάθους λέει ότι έτρεξες το system ως εξής:

system ("intersectBed" "-a" "$repeatfiles[j]" "-b" "$bedfilename[i]")

χωρίς κόμμα.

δε νομίζω να μου κάνει γιατί υπάρχει και η τελεία της κατάληξης των αρχείων. εκτός και αν βρίσκει μόνο τελείες.
κάποιος λάκκος υπάρχει με το file structure αλλά δεν έχω καμία ιδέα.

Αυτό που έδωσε ο imitheos αφαιρεί ακριβώς την τελεία και την διπλή τελεία. Έχεις τους operators για αρχή και τέλος, άρα είναι safe matching.

[trotos]

Συγνώμη αν σε πρόσβαλλα, αλλά ο σκοπός μου ήταν ακριβώς να επιστήσω την προσοχή στο να γράφουμε perl way.



Εγώ πάντως θα προτιμούσα ένα for:

for (my $i = 0; $i < scalar(@peakfiles); $i++) {

ή

for my $i (0..scalar(@peakfiles)-1) {

Δοκίμασε να σώσεις το αρχείο πριν το τρέξεις, γιατί το μήνυμα λάθους που έβαλες δεν έχει καμία σχέση με το system. Το μήνυμα λάθους λέει ότι έτρεξες το system ως εξής:

system ("intersectBed" "-a" "$repeatfiles[j]" "-b" "$bedfilename[i]")

χωρίς κόμμα.



Αυτό που έδωσε ο imitheos αφαιρεί ακριβώς την τελεία και την διπλή τελεία. Έχεις τους operators για αρχή και τέλος, άρα είναι safe matching.

τσεκάρω το βράδυ και επανέρχομαι

[Mosfet]

Πάντως ο συνήθης perl τρόπος (και όχι ανάπηρος ) για να παίρνεις τα αρχεία μέσα σε ένα directory είναι με το λεγόμενο globbing, δηλαδή:

my @files = <*>;
foreach my $file (@files) {
  print $file . "\n";
}

Μπορείς μέσα στο loop με διάφορους τελεστές της perl, να δεις τι είναι αυτά τα πραγματάκια που υπάρχουν μέσα στον κατάλογο, π.χ. :

my @files = <*>;
foreach my $file (@files) {
 if (-f $file) {
  print "This is a file: " . $file  . "\n";
 }
 if (-d $file) {
  print "This is a directory: " . $file  . "\n";
 }
}