perl once more "the print on file" problem.

[trotos]

Εδώ είμαι πάλι.
Εδώ με βοηθήσατε να αντεπεξέλθω σε κάποια προβλήματα.
ΜΕ την εντολή
system ()

λέω στην perl να εκτελέσει μια έντολή:

system ("intersectBed", "-wao", "-a", "$PeakDir/$peakfiles[$i]", "-b", "$RepeatDir/$repeatfiles[$j]");

μια χαρά δουλεύει και μου βγάζει πολύ καλά αποτελέσματα στην οθόνη.
πως μπορώ να αποθηκεύω τα αποτελέσματα σε ένα τεστ αρχείο; έχω δοκιμάσει τα παρακάτω χωρίς καμία ελπίδα:

	my $test = "$desktop_path/test";
	mkpath($test);
opendir (testDir, "$test") || die "can't opendir $RepeatDir: $!";
		system ("intersectBed", "-wao", "-a", "$PeakDir/$peakfiles[$i]", "-b", "$RepeatDir/$repeatfiles[$j]") >$test;
		#$test = `intersectBed -wao -a $PeakDir/$peakfiles[$i] -b $RepeatDir/$repeatfiles[$j]`;
		#@test = `intersectBed -wao -a $PeakDir/$peakfiles[$i] -b $RepeatDir/$repeatfiles[$j]`;

όπως πάντα κάθε συμβουλή δεκτή. λόγω δουλειάς αργώ να τις ελένξω.

[boeotian]

Αφού την λύση την έχεις δώσει ήδη μόνος σου πιο κάτω στα σχόλια. Μόνο με τα backticks "`" μπορείς να πάρεις το αποτέλεσμα της εντολής στην perl και όχι με system. Αν έχεις scalar στο βάζει εκεί, αλλιώς σε array:

$ perl -MData::Dumper -e 'my $listing=`ls /`; print Dumper($listing);'
$VAR1 = ']
bin
boot
cgroup
Desktop
dev
etc
home
lib
lib64
lost+found
media
mnt
opt
proc
root
run
sbin
selinux
srv
sys
tftpboot
tmp
usr
var
';

$ perl -MData::Dumper -e 'my @listing=`ls /`; chomp(@listing); print Dumper(\@listing);'
$VAR1 = [
          ']',
          'bin',
          'boot',
          'cgroup',
          'Desktop',
          'dev',
          'etc',
          'home',
          'lib',
          'lib64',
          'lost+found',
          'media',
          'mnt',
          'opt',
          'proc',
          'root',
          'run',
          'sbin',
          'selinux',
          'srv',
          'sys',
          'tftpboot',
          'tmp',
          'usr',
          'var'
        ];

Στο 2ο παράδειγμα έχω βάλει και chomp, που συνήθως θα το χρειάζεσαι για να σου κόψει τα \n.

[Mosfet]

Επιπλέον, αν θέλεις να πάρεις και το stderr, μπορείς μέσα στα backticks να το ανακατευθύνεις στο stdout, δηλαδή να γράψεις κάτι τέτοιο:

$output = `$cmd 2>&1`;

όπου $cmd η εντολή που πας να εκτελέσεις.

[trotos]

χμμ, αυτό το έκανα απλά δε μπορεί να μου γράψει το αρχείο σε συγκεκριμένη θέση από όπου μετά να μπορώ να το διαβάσω (στο υπόλοιπο μέρος του προγράμματος) για να το επεξεργαστώ.
Δηλαδή, ενώ δημιουργώ τον φάκελο

my $test = "$desktop_path/test";
	mkpath($test);

μετά από την εκτέλεση της εντολής:
$test = `intersectBed -wao -a $PeakDir/$peakfiles[$i] -b $RepeatDir/$repeatfiles[$j]`;

δε μου γράφει τίποτα έκεί

το αναμενόμενο αποτέλεσμα είναι αυτό και χωρίζεται μόνο με tabs και \n:

chr20	4901985	4902690	.	532	.	2.61349	7.52958	6.65339	475	.	-1	-1	.	0
chr7	101823335	101824261	.	532	.	2.58479	7.52958	6.65343	415	.	-1	-1	.	0
chr9	105895270	105897014	.	532	.	1.94527	7.52318	6.64706	958	chr9	105895459	105895612	SINE	153
chr9	105895270	105897014	.	532	.	1.94527	7.52318	6.64706	958	chr9	105896648	105896671	Low_complexity	23
chr9	105895270	105897014	.	532	.	1.94527	7.52318	6.64706	958	chr9	105896964	105897139	LINE	50
chr2	101235311	101236140	.	532	.	2.72318	7.52152	6.64543	503	chr2	101235205	101235343	SINE	32
chr2	101235311	101236140	.	532	.	2.72318	7.52152	6.64543	503	chr2	101235579	101235660	Simple_repeat	81
chr2	101235311	101236140	.	532	.	2.72318	7.52152	6.64543	503	chr2	101235991	101236035	Low_complexity	44
chr8	38774444	38774779	.	532	.	5.16409	7.52088	6.64483	165	.	-1	-1	.	0
chr3	128981266	128981689	.	532	.	5.33268	7.52088	6.64487	269	chr3	128981288	128981325	SINE	37
chr2	231696385	231696733	.	532	.	5.37224	7.52088	6.6449	156	.	-1	-1	.	0
chr19	19793186	19793692	.	532	.	4.9497	7.52088	6.64493	253	.	-1	-1	.	0
chr8	142471103	142471733	.	532	.	5.16409	7.52088	6.64497	185	chr8	142471178	142471216	Low_complexity	38
chr8	142471103	142471733	.	532	.	5.16409	7.52088	6.64497	185	chr8	142471377	142471409	Low_complexity	32
chr8	142471103	142471733	.	532	.	5.16409	7.52088	6.64497	185	chr8	142471424	142471501	Low_complexity	77
chr7	43653136	43653467	.	532	.	5.21809	7.52088	6.645	164	.	-1	-1	.	0
chr18	54506158	54506566	.	532	.	3.46667	7.51759	6.64174	216	chr18	54506511	54506539	Simple_repeat	28
chr6	52466422	52466806	.	532	.	3.44185	7.51759	6.64177	193	chr6	52466236	52466423	SINE	1
chr5	131822311	131823025	.	532	.	3.49556	7.51759	6.64181	105	chr5	131821684	131822480	LINE	169
chr5	131822311	131823025	.	532	.	3.49556	7.51759	6.64181	105	chr5	131822480	131822547	Class_DNA	67
chr21	45175307	45176049	.	532	.	3.44632	7.51759	6.64184	399	chr21	45175309	45175369	LINE	60

........Auto merged post: trotos πρόσθεσε 0 λεπτά και 58 δευτερόλεπτα αργότερα ........

Επιπλέον, αν θέλεις να πάρεις και το stderr, μπορείς μέσα στα backticks να το ανακατευθύνεις στο stdout, δηλαδή να γράψεις κάτι τέτοιο:

$output = `$cmd 2>&1`;

όπου $cmd η εντολή που πας να εκτελέσεις.

το "2>&1" τι ακριβώς κάνει;;;

[Mosfet]

Σου είπα τι κάνει. Ανακατευθύνει το stderr (το "2") στο stdout (το "1").

[boeotian]

χμμ, αυτό το έκανα απλά δε μπορεί να μου γράψει το αρχείο σε συγκεκριμένη θέση από όπου μετά να μπορώ να το διαβάσω (στο υπόλοιπο μέρος του προγράμματος) για να το επεξεργαστώ.
Δηλαδή, ενώ δημιουργώ τον φάκελο

δε μου γράφει τίποτα έκεί

Δες βρε αν η $test σου έχει αποτέλεσμα. Προσπάθησε να καταλάβεις που είναι το πρόβλημα. Αν η $test έχει όντως αποτέλεσμα και δεν είναι κενή, τότε το πρόβλημα μήπως είναι επειδή δεν κάνεις close το αρχείο και δεν το σώζεις;

Με γενικότητες "δε μου γράφει τίποτα"/"δεν κάνει τίποτα" δεν μπορούμε να σε βοηθήσουμε. Θέλουμε κώδικα να δούμε.

[trotos]

Δες βρε αν η $test σου έχει αποτέλεσμα. Προσπάθησε να καταλάβεις που είναι το πρόβλημα. Αν η $test έχει όντως αποτέλεσμα και δεν είναι κενή, τότε το πρόβλημα μήπως είναι επειδή δεν κάνεις close το αρχείο και δεν το σώζεις;

Με γενικότητες "δε μου γράφει τίποτα"/"δεν κάνει τίποτα" δεν μπορούμε να σε βοηθήσουμε. Θέλουμε κώδικα να δούμε.

Αυτό που δε μπορώ να καταλάβω είναι ότι ενώ βλέπω το output της εντολής intersectBed στην οθόνη, δε μπορώ να βρω που και αν το γράφει πουθενά.

αυτός είναι ο κώδικας.

#!/usr/bin/perl
use File::Path;
use warnings;
use strict;

my $path = $ENV{HOME};
	my $desktop_path = "$path/Desktop";
		my $PeakDir = "$desktop_path/BioProject";
		my $RepeatDir = "$desktop_path/repeatfiles";
	mkpath($PeakDir);
		my $test = "$desktop_path/test";
	mkpath($test);
	
	#open peak file downloaded and saved to PeakDir folder, and read contents
opendir (peakDir, "$PeakDir") || die "can't opendir $PeakDir: $!";
my @peakfiles = grep { ! /^\.{1,2}$/ } readdir (peakDir);#= readdir (peakDir);

#open peak file downloaded and saved to PeakDir folder, and read contents
opendir (repeatDir, "$RepeatDir") || die "can't opendir $RepeatDir: $!";
my @repeatfiles = grep { ! /^\.{1,2}$/ } readdir (repeatDir);

opendir (testDir, "$test") || die "can't opendir $testDir: $!";

#only for mac os x
my @deletefile = ("$PeakDir/\.DS_Store","$RepeatDir/\.DS_Store");
	foreach my $filetodelete ( @deletefile ) {
		unlink $filetodelete or warn "Could not unlink $filetodelete: $!";
												}

#test of directories
print "@peakfiles $!\n";
print "@repeatfiles $!\n";

#main program
for (my $i = 0; $i <= scalar(@peakfiles)-1; $i++) {
        print "$i file in array is: $peakfiles[$i]\n";
			for (my $j=0; $j<=scalar(@repeatfiles)-1;$j++) {
				print "$j file in array is: $repeatfiles[$j]\n";
			#εδώ δε γράφει στο τεστ
					$test = `intersectBed -wao -a $PeakDir/$peakfiles[$i] -b $RepeatDir/$repeatfiles[$j]`;
					
			my @testfiles = grep { ! /^\.{1,2}$/ } readdir (testDir);
			open IN, ("$test");#"intersectBed -wao -a $PeakDir/$peakfiles[$i] -b $RepeatDir/$repeatfiles[$j] |");
my %mean_overlap=();
			my %no=();
			while (<IN>) {
			if (/(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)/) {
#a3iologish ba8mou epikalhpshs	
				$overlap = (2*$15)/(($3-$2)+($13-$12));
				$mean_overlap{$14} += $overlap;
				$no{$14}++;
				}
			}
		}
	}
close OUT;
close IN;
closedir (peakDir);

[trotos]

όταν πάει να διαβάσει τα
[CODE]open IN, ("$test");

λέει ότι:

Unsuccessful open on filename containing newline at /Users/sunta3iouxos/Desktop/script line 43.
readline() on closed filehandle IN at /Users/sunta3iouxos/Desktop/script line 46.

[boeotian]

Ναι, καλά στα λέει, γιατί χρησιμοποιείς με τελείως λάθος τρόπο τον filehandler. Κάτι σε τέτοιο θα σου έπαιζε καλύτερα:

if (open(FH,">myoutfile")) {
  print FH $test;
  close FH;
}

Εσύ πας να ανοίξεις ένα αρχείο και του περνάς το αποτέλεσμα για το όνομα του αρχείου και μάλιστα το ανοίγεις για ανάγνωση και όχι για εγγραφή. Αν θες να σου κάνει preserve τα προηγούμενα δεδομένα και να μην στα σβήνει στο κάθε print δώσε open(FH, ">>myoutfile") με δύο >>.

[trotos]

Ναι, καλά στα λέει, γιατί χρησιμοποιείς με τελείως λάθος τρόπο τον filehandler. Κάτι σε τέτοιο θα σου έπαιζε καλύτερα:

if (open(FH,">myoutfile")) {
  print FH $test;
  close FH;
}

Εσύ πας να ανοίξεις ένα αρχείο και του περνάς το αποτέλεσμα για το όνομα του αρχείου και μάλιστα το ανοίγεις για ανάγνωση και όχι για εγγραφή. Αν θες να σου κάνει preserve τα προηγούμενα δεδομένα και να μην στα σβήνει στο κάθε print δώσε open(FH, ">>myoutfile") με δύο >>.

Ωχ... το if (open (....>...)) ή με >> πρέπει να το είχα ψηλιαστεί.

Το πρόβλημα είναι ότι ακόμα δε μπορώ να το κάνω να μου ΕΞΑΓΕΙ και τα αποτελέσματα του:

$test = `intersectBed -wao -a $PeakDir/$peakfiles[$i] -b $RepeatDir/$repeatfiles[$j]`;

σε συγκεκριμένο αρχείο.

[trotos]

Ωχ... το if (open (....>...)) ή με >> πρέπει να το είχα ψηλιαστεί.

Το πρόβλημα είναι ότι ακόμα δε μπορώ να το κάνω να μου ΕΞΑΓΕΙ και τα αποτελέσματα του:

$test = `intersectBed -wao -a $PeakDir/$peakfiles[$i] -b $RepeatDir/$repeatfiles[$j]`;

σε συγκεκριμένο αρχείο.

όταν δίνω με τον παραπάνω κώδικα να μου εξάγει τα αποτελέσματα (τα οποία είναι της μορφής που φαίνονται παραπάνω) μου δίνει το εξής μήνυμα:

Argument "chr18^I58975469^I58981096^I.^I1000^I.^I8.10918^I225.9060..." isn't numeric in right bitshift (>>) at /Users/sunta3iouxos/Desktop/script line 43.

αυτό με όποιο τύπο output του δώσω να γράψει.
%test
@test
$test
είναι κάτι που δεν έχω καταλάβει;
πρέπει να ορίσω τον τύπο του output όπως στην C και αυτό πως το κάνω;

[trotos]

παίδες υπάρχει κάποια βοήθεια στο πως να μπορέσω να εξάγω σωστά το αποτέλεσμα (όπως φαίνεται στα προηγούμενα posts) σε αρχείο σε συγκεκριμένη θέση;

[boeotian]

Αν δεν δώσεις το συγκεκριμένο κομμάτι που έχει το πρόβλημα δεν μπορούμε να κάνουμε και πολλά. Αυτό που καταλαβαίνω είναι ότι κάνεις binary shifting σε scalar που έχει κείμενο και όχι αριθμό όπως πολύ σωστά σου λέει.

Κανένα περίεργο redirect μήπως; Δεν παίζει το >> redirect στην perl για output. Αυτό είναι για shell.