Ο ιός HIV, αυτός που προκαλεί την γνωστή ασθένεια AIDS, αποτελούσε ένα μυστήριο για τους επιστήμονες που μέχρι τώρα αντιμετώπιζαν τον ιό αυτό σαν δοκιμασία εξόδου από λαβύρινθο στα σκοτεινά, με τεχνικές trial & error. Όμως σύμφωνα με μια επιστημονική ανακοίνωση, με την χρήση GPU σε clusters/grids δηλαδή υπερυπολογιστών χρησιμοποιώντας την τεράστια υπολογιστική ισχύ των συνεπεξεργαστών γραφικών, κατάφερα να προσομοιώσουν πλήρως την μορφή και λειτουργία της μοριακής δομής του πρωτεϊνικού κελύφους του ιού.
Για να μπορέσουν να το κάνουν αυτό, την ανακάλυψη της μοριακής δομής του πρωτεϊνικού κελύφους του ιού, οι επιστήμονες χρειάστηκαν να εξετάσουν τον ιό με κάτι παραπάνω από μικροσκόπιο. Ακόμα και τα μικροσκόπια ηλεκτρονίων δεν ήταν αρκετά λεπτομερή για να αποκαλύψουν την μοριακή δομή, δηλαδή τα επιμέρους άτομα στο πρωτεινικό κέλυφος. Ετσι οι επιστήμονες κατέφυγαν σε χρήση μικροσκοπίων ακτίνων Χ που μπορούσαν να δώσουν πολύ μεγαλύτερη λεπτομέρεια. Ομως η τεχνική αυτή δεν δίνει ξεκάθαρη εικόνα με μια "ματιά". Έτσι πρέπει να παρθούν πολλές εικόνες, και να γίνει τεράστια επεξεργασία προκειμένου να γίνει ορατή η μοριακή δομή. Οι επιστήμονες χρειάστηκε να "τρέξουν" προσομοιώσεις σε υπερυπολογιστές επιπέδου petascale χρησιμοποιώντας τον υπολογιστή Blue Waters του πανεπιστημίου του Illinois, ο οποίος εχει 237 καμπίνες Cray XE6 και 32 καμπίνες Cray XK7 που χρησιμοποιούν nVidia Tesla Kepler GPU's και που μπορεί να αποδώσει συνεχή υπολογιστική ισχύ της τάξεως του 1 petaflop.
Η συγκεκριμένη ανακάλυψη δίνει την δυνατότητα πλέον στους επιστήμονες να επεξεργαστούν και να μελετήσουν τον ιό εικονικά, κατευθείαν σε υπολογιστές, και με βάσιμες ελπίδες ότι πολύ σύντομα θα έχουν βρεί την τελική λύση για τον ιό αυτό (πχ εμβόλιο, ή φάρμακα για πλήρη ανάρρωση και ανοσοποίηση από τον ιό). Οι τεχνικές που χρησιμοποιήθηκαν ήδη για τον ιό HIV θα μπορούσαν επίσης να εφαρμοστούν και σε πληθώρα άλλων ιών, όπως πχ των ιών της ηπατίτιδας ή των ιών της γρίπης, Η1Ν1 και άλλων, ώστε να μπορούν να βρεθούν λύσεις αντιμετώπισης τους γρήγορα και αποτελεσματικά. Επίσης αυτή η τεχνολογία δίνει πλέον μια νέα στροφή στο πως θα μελετώνται πλέον οι ιοί και θα αντιμετωπίζονται, μιας και αυτό πλέον θα μπορεί να γίνει κατευθείαν απο υπολογιστές και οι μικροβιολόγοι / ανοσιολόγοι που θα βρίσκουν εμβόλια και φάρμακα θα είναι πλέον περισσότερο χρήστες υπολογιστών σαν να κατασκευάζουν δομές μορίων σε κάποιας μορφής CAD πρόγραμμα πάρα η γνωστή εικόνα του εργαστηριακού επιστήμονα με τα μπουκαλάκια και τα αντιδραστήρια σε ένα χημικό/μικροβιολογικό εργαστήριο.
Πηγή: http://www.extremetech.com/computing...ed-simulations
Εμφάνιση 1-15 από 31
-
02-06-13, 09:20 "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #1
-
02-06-13, 16:38 Re: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #2
Cluster από κάρτες γραφικών.... Μάιστα...
ΕΞαιρετικά ενδιαφέρον πάντως, ελπίζω να υπάρχει η ανάλογη συνέχεια, αν και από τα ελάχιστα που γνωρίζω, ο ιός μεταλλάσσεται σε κάθε άτομο που νοσεί
Good... Bad... I'm tha guy with tha Gun...
WAntilles: Ούτε σε όλους έχει αφαιρεθεί με βάναυσο - γκεμπελικό χειρουργείο, το μέρος του εγκεφάλου που συμπαθεί τα Windows.
Trolling με γεύση παπάγια
-
02-06-13, 17:45 Απάντηση: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #3
-
02-06-13, 19:02 Απάντηση: Re: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #4
QoS: Τι είναι τούτο το πράγμα; Ευρυζωνικά: Μύθοι και πραγματικότητα Οδηγίες Εγκατάστασης Oracle 10G σε Linux (RHEL4)Περι αλόγιστης χρήσης Ιντερνετ
Ikariam.gr anon@AnonCity Guzoos@76:12
-
02-06-13, 19:47 Απάντηση: Re: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #5
-
02-06-13, 20:39 Απάντηση: Re: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #6
-
03-06-13, 14:16 Απάντηση: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #7
ενδιαφέρον...μακάρι να συνεχίσουν και να καταφέρουν κάτι ουσιαστικό...
-
03-06-13, 15:19 Απάντηση: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #8
Επειδή πιστεύω σε συνομωσιολογίες ,μέχρι να αποφασίσουν ποιος θα πάρει δικαιώματα (και το κέρδος δηλαδή) απο τα αποτελέσματα της έρευνας θα περάσουν πολλά χρόνια ακόμα μέχρι να κυκλοφορήσει κάτι αποτελεσματικό...
-
03-06-13, 15:38 Απάντηση: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #9
Και καχύποπτος να μην είσαι πάλι πολλά χρόνια θα περάσουν μέχρι να βγει κάτι στην αγορά με τις δοκιμές που θα πρέπει να γίνουν.
-
03-06-13, 17:02 Απάντηση: Re: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #10
-
03-06-13, 20:04 Απάντηση: Re: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #11
οντως αυτο ειναι το αιωνιο προβλημα με τον HIV...εχει το χαρακτηριστικο της γριπης,μεταλλασεται συνεχεια...
ισως να υπαρχει καποια ομοιομορφια στο κελυφος,κατι θα ξερουν αυτοι...να π.χ. η γριπη. μεταλλασεται συνεχως,αλλα προσακολλαται με συγκεκριμενο τροπο σε συγκεκριμενα κυτταρα.
εχω ομως μια απορια. εφοσον ειναι γνωστο οτι υπαρχει μια πολυ μικρη μεριδα ανθρωπων με γεωγραφικο προσδιορισμο με συγεκριμενη διαφοροποιηση σε συγκεκριμενο γονιδιο,οι οποιοι δεν νοσουν αλλα ειναι φορεις,γτ δεν ακολουθουν αυτην την οδο?
καπου το ειχα διαβασει σαν αρθρο πριν χρονια. ηταν ατομα με γεωγραφικη καταγωγη καπου απο τον Καυκασο αν θυμαμαι σωστα,ειχαν ολοι τους μια συγκεκριμενη αλλαγη σε ενα γονιδιο που αυτοματα τους επετρεπε να μην παθαινουν το συνδρομο αλλα παρεμεναν φορεις.
-
03-06-13, 20:15 Απάντηση: Re: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #12
Αυτό που λες ισχύει. Μάλιστα πριν μερικούς μήνες λόγου του συγκεκριμένου πολυμορφισμού ένας άνθρωπος θεραπεύτηκε από τον aids χρησιμοποιώντας κύτταρα ενός άλλου ανθρώπου που είχε αυτή την μετάλλαξη.
http://www.e-enimerosi.gr/video/39/
-
03-06-13, 20:50 Απάντηση: Re: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #13
You are wrong on so many levels my friend.
1. Το γενετικό υλικό του HIV αποτελείται από RNA, όχι DNA.
2. Αυτό το RNA δεν βρίσκεται σε πυρήνα (πυρήνες έχουν μόνο τα ευκαρυωτικά κύτταρα, όχι οι ιοί) αλλά περιβάλλεται απλά από τις πρωτεΐνες του καψιδίου, του κελύφους αν θες.
3. Η πλήρης αλληλουχία RNA του HIV είναι γνωστή εδώ και χρόνια
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_001802.1
Από το 2003 έχει αλληλουχηθεί πλήρως, μεταξύ άλλων ειδών, και το ανθρώπινο γονιδίωμα που αποτελείται από 3 δισεκατομμύρια νουκλεοτίδια. Τα 9000 νουκλεοτίδια του γονιδιώματος του HIV πίστεψέ με ήταν πολύ εύκολο να ταυτοποιηθούν.
4. Εφόσον το πλήρες γονιδίωμα του HIV ήταν γνωστό, ήταν γνωστές και οι πρωτεΐνες που παράγει, ενώ ήταν δυνατό να γίνει μοριακή ανίχνευση του HIV σε περιφερικό αίμα με μια σχετικά απλή και φθηνή μέθοδο, την PCR (ή ποσοτικοποίηση του ιϊκού φορτίου με real-time PCR).
5. Η δομή του ιού είναι επίσης γνωστή από εικόνες ηλεκτρονικής μικροσκοπίας. Αυτό που δεν ήταν γνωστό όπως λες είναι η μοριακή δομή του, αλλά σε επίπεδο απίστευτης ανάλυσης. Με τα νέα δεδομένα, κι αυτό είναι το σημαντικό, γνωρίζουμε επακριβώς πως διατάσσεται η (ήδη γνωστή) πρωτεϊνική ακολουθία στο χώρο, ποιά αμινοξέα του καψιδίου είναι "εκτεθιμένα", δηλαδή βρίσκονται στην εξωτερική πλευρά του καψιδίου και μπορούν να αποτελέσουν στόχο για θεραπεία (πχ εμβόλιο που παράγει αντισώματα για συγκεκριμένη "εκτεθιμένη" περιοχή του ιού). Τα νέα δεδομένα επίσης μπορεί να δώσουν στοιχεία για τον τρόπο αλληλεπίδρασης του ιού με τα ανθρώπινα Τ-λεμφοκύτταρα, ή τον τρόπο που τα προσβάλλουν (άρα και εναλλακτικές θεραπείες). Μ' αυτή τη λογική δεν έχουμε πολύ δρόμο για την εύρεση θεραπείας του AIDS, μέχρι στιγμής το μόνο που ήταν εφικτό ήταν η χρήση αντιϊκών φαρμάκων που στόχευαν στην αναστολή αντιγραφής του ιού και απλά καθυστερούσαν την εξάπλωσή του (χωρίς ικανοποιητικά πάντα αποτελέσματα). Επομένως υπάρχει ελπίδα, αρκεί φυσικά να μην εμπλακούν διάφορα συμφέροντα όπως είθισται.
6. Όπως πολύ σωστά λέει ο Atilas οι πρωτεΐνες του ιού δεν μεταλλάσσονται, μεταλλασσεται το RNA του που έχει αποτέλεσμα τη δημιουργία "λίγο διαφορετικών"¨πρωτεϊνών. Όσο υψηλή δυνατότητα μεταλλαξιγένεσης όμως κι αν έχει ο ιός, υπάρχουν περιοχές συγκεκριμένων πρωτεϊνών που είναι συντηρημένες, συνήθως αυτές οι περιοχές είναι σημαντικές για βασικές λειτουργίες του ιού (αντιγραφή, αλληλεπίδραση με Τ-λεμφοκύτταρα κλπ). Η θεραπεία εκεί ακριβώς θα πρέπει να στοχεύει, στις συντηρημένες περιοχές του ιού, κι εφόσον είναι γνωστή η μοριακή δομή του θα βοηθήσει αρκετά στην ταυτοποίηση αυτών των συντηρημένων περιοχών (και στην εύρεση θεραπείας).
Η ουσία της είδησης (για το adslgr τουλάχιστον) είναι το ότι υπερυπολογιστές επιπέδου Petaflops μπορούν να δώσουν λύσεις σε σημαντικά επιστημονικά ερωτήματα, όχι μόνο βιολογίας όπως στην προκειμένη περίπτωση, αλλά και κβαντοφυσικής, αστροφυσικής, μετεωρολογίας κλπ, ερωτήματα που διαφορετικά θα ήταν δύσκολο, έως αδύνατο να απαντηθούν. Η ουσία είναι ότι ένας υπερυπολογιστής έδωσε (και μπορεί να δώσει) στην επιστήμη τεράστια βήματα προόδου. Δεν είναι μόνο ο HIV, γιατί όπως λες κι εσύ "ΟΚ, βρήκαν τη δομή του HIV, και τι έγινε", η ουσία είναι ότι θα απαντηθούν ερωτήματα στον τρόπο δράσης των ιών γενικότερα, ότι υπάρχουν εργαλεία που δυνητικά θα μπορούσαν να απαντήσουν πολλά ακόμη ερωτήματα, εφόσον χρησιμοποιηθούν σωστά.
Ας μείνουμε σ' αυτό χωρίς να λέμε ανακρίβειες αν δεν γνωρίζουμε. No offence.
Δεν είναι αυτό το πρόβλημα με τον HIV. Το πρόβλημα είναι ότι είναι ιός που προσβάλλει τα Τ-λεμφοκύτταρα, τον σημαντικότερο μηχανισμό άμυνας του οργανισμού εναντίων παθογόνων (και ιών) ... ο ιός δηλαδή καταστρέφει τα κύτταρα που θα έπρεπε να τον εντοπίσουν και να τον καταστρέψουν. Αποτέλεσμα είναι ο ασθενής να πεθαίνει, όχι από AIDS, αλλά από απλές λοιμώξεις/ιώσεις που θα μπορούσαν εύκολα να αντιμετωπιστούν από ένα υγιές ανοσοποιητικό σύστημα. Και να μην μεταλασσόταν ο ιός θα υπήρχε πρόβλημα, αφού ήταν δύσκολο να βρεθεί τρόπος καταπολέμησης. Για να λειτουργήσει κάποιο εμβόλιο θα πρέπει να ενεργοποιηθούν τα Τ-λεμφοκύτταρα, έλα όμως που ο ιός κρύβεται μέσα σ' αυτά, μέχρι που τα καταστρέφει. Η ίδια δυσκολία υπάρχει και τώρα που είναι γνωστή η μοριακή δομή, απλά τώρα ίσως γίνουν πιο εύκολα τα πράγματα, αν βρεθεί τρόπος να μπλοκάρουν με αντισώματα την είσοδο του HIV στα Τ-λεμφοκύτταρα.
Να σου δώσω μια απάντηση, αλλά ξεφεύγει εντελώς εκτός θέματος
Spoiler:Τελευταία επεξεργασία από το μέλος zouli84 : 03-06-13 στις 23:55.
-
04-06-13, 00:08 Απάντηση: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #14
Τι μυαλά υπάρχουν?! Πραγματικά τους ζηλεύω.
@ grayden
Μην το λες, γιατί και για το εμβόλιο της γρίππης πρόπερσι υποτίθεται ότι έπρεπε να περάσουν αρκετά χρόνια δοκιμών, όπως σωστά λες, αλλά βγήκε σε χρόνο dt και τρέξαν όλα τα κορόιδα.
-
04-06-13, 00:15 Απάντηση: "Εσπασε" η μοριακή δομή του ιού HIV #15
Οι βλαμμένοι έτρεξαν βασικά (και έβαλαν και τα κράτη να ξοδέψουν τα κέρατά τους σε σκουπίδια) αλλά εκείνη ήταν άλλη περίπτωση. Στόχευε στην αρπαχτή και δεν υπήρχε λόγος για μαζικό εμβολιασμό πέραν από κάποιες συγκεκριμένες κατηγορίες ατόμων.
Παρόμοια Θέματα
-
Η "καθαρότητα" και η "εντιμότητα" των κατηγορων της δημοκρατίας
Από nm96027 στο φόρουμ Πολιτική, Κοινωνικά Θέματα, Επιστήμες και AθλητισμόςΜηνύματα: 15Τελευταίο Μήνυμα: 23-04-13, 18:44 -
"Σερνεται" η HOL;
Από maestros82 στο φόρουμ Vodafone ADSLΜηνύματα: 6Τελευταίο Μήνυμα: 13-10-12, 09:10 -
Η Intel ετοιμάζει "μεταφορά" του Android 4.1 σε tablets και smartphones που έχουν επεξεργαστές Atom
Από Seitman στο φόρουμ ΕιδήσειςΜηνύματα: 55Τελευταίο Μήνυμα: 11-08-12, 16:59
Bookmarks