QMD cores και κονσόλες

[euri]

Εδώ και λίγο καιρό που έρχονται πρωτεΐνες με πυρήνες QMD μου παρουσιάζεται το εξής θέμα:

Στο μηχάνημα με τον P4 2.8 HT (Windows Server 2003, 1 GB RAM dual channel) η μία από τις δύο κονσόλες ουσιαστικά σταματά την επεξεργασία, κάτι σαν να περιμένει την άλλη να τελειώσει.

Πχ, αυτή τη στιγμή η μία κονσόλα είναι σε αυτό το σημείο, εδώ και ώρες

[04:18:21] Entering QMD...
[04:18:45] System: p1900_32_water_molecules
[04:18:45]
[04:18:45] Performing initial WF calculations
[04:18:45] - Number of total steps will change until convergence
[04:19:41] Completed 0 out of 2000 steps (0)
[04:23:35] Timered checkpoint triggered.

ενώ η άλλη κονσόλα λειτουργεί κανονικά:

[13:34:01] Completed 1050 out of 2099 steps (50)
[13:34:01] Writing local files
[13:39:46] Timered checkpoint triggered.
[13:44:48] Timered checkpoint triggered.
[13:50:44] Timered checkpoint triggered.
[13:54:44] Completed 1071 out of 2099 steps (51)
[13:54:44] Writing local files

Εχθές ήταν το ανάποδο (η πρώτη κονσόλα πήγαινε κανονικά, ενώ η δεύτερη ήταν σταματημένη). Η συμπεριφορά αυτή δεν αλλάζει με επανεκκίνηση οποιασδήποτε κονσόλας. Επίσης, με άλλους πυρήνες (Tinker, Gromacs, Amber) δεν υπήρχε αντίστοιχο πρόβλημα.

Έχει παρατηρήσει κανείς κάτι αντίστοιχο;


Κάτι άλλο που έχω παρατηρήσει, είναι ότι οι QMD καταναλώνουν ΠΟΛΛΗ μνήμη. Αυτή τη στιγμή το FaHCore_96.exe που "δουλεύει" καταναλώνει 213.248 Κ, ενώ το άλλο που "σκέφτεται" είναι στα 274.344 Κ :shock:

[satel]

Μήπως το timered checkpoint εννοεί ότι σώζει τη δουλειά που έχει κάνει στα διαστήματα που του έχεις πει αλλά πριν προλάβει να τελειώσει ένα frame για να στο δείξει?

[euri]

Τα παραπάνω αποσπάσματα έιναι παρμένα την ίδια χρονική στιγμή (εντάξει, το πολύ ένα λεπτό διαφορά). Κοίτα τη διαφορά στα timestamps και θα δεις ότι η πρώτη κονσόλα παραμένει αδρανής για 9+ ώρες, ενώ η άλλη λειτουργεί κανονικά. Είναι λίγο απίθανο να χρειάζεται μια κονσόλα 9 ώρες για να κάνει την ίδια δουλειά που η άλλη κονσόλα (στο ίδιο μηχάνημα) την κάνει σε μερικά λεπτά. :confused:

[satel]

satel = :oops: :oops:

[EvilHawk]

Κάτι άλλο που έχω παρατηρήσει, είναι ότι οι QMD καταναλώνουν ΠΟΛΛΗ μνήμη. Αυτή τη στιγμή το FaHCore_96.exe που "δουλεύει" καταναλώνει 213.248 Κ, ενώ το άλλο που "σκέφτεται" είναι στα 274.344 Κ
To ίδιο παρατήρησα και εγώ , εξωφρενικά μεγάλες τιμές! Μάλιστα απο ότι είδα χρησιμοποιεί και εξίσου μεγάλο swap file!

[euri]

Εχμ, φαντάσου ότι με 1 GB φυσικής μνήμης έχει φτάσει σε σημείο να μου αφήσει 96 ΜΒ ! :shock: :shock:

(εννοείται ότι έτρεχαν και άλλες εφαρμογές στο PC...)

[Νικαετός]

Γενικά οι χρόνοι επεξεργασίας έχουν ανέβει ... Εκτός αν τα έχουν παίξει οι CPU μας .

Το θέμα πάντως με το QMD το παρατήρησα και εγώ . Reboot είναι η λύση , τουλάχιστον σε μένα .

[euri]

Το θέμα πάντως με το QMD το παρατήρησα και εγώ . Reboot είναι η λύση , τουλάχιστον σε μένα .
Σε μένα ούτε με restart του service, ούτε με επανεκκίνηση του υπολογιστή λύνεται το θέμα. Επειδή όμως πείσμωσα, άφησα την αδρανή κονσόλα ανοιχτή να περιμένει. Σήμερα το πρωί που είδα τα logs, η κονσολίτσα έπαιζε μια χαρά :what:

[nnn]

Μάλλον "φταίει" αυτό
These projects are for new core (FahCore_96.exe) that uses a quantum chemical method.

Άκου κβαντική χημική μέθοδο(φαντάσου τι αρχικούς υπολογισμούς θέλει).

[EvilHawk]

Χμμμ για πρώτη φορά μετα από ένα χρόνο folding κατάφερε να μου γονατίσει το συγκεκριμένο core το μηχάνημα με τα win2k ! Για πρώτη φορά μπλε οθόνη μετά από πολλά χρόνια στο συγκεκριμένο μηχάνημα άν και εχει 1024 ram !!!!

Aν παρατηρήσετε παρόμοια προβλήματα σε κανένα μηχάνημα βρείτε το αρχείο client.cfg και με ένα editor αλλάξτε το bigpackets=yes σε bigpackets=no!