Projects for Corona Virus in beta testing

[ArtyX]

Βγήκαν τα πρώτα projects για την καταπολέμηση του Corona Virus - προς το παρόν είναι σε beta mode (ήδη τρέχω κάποια καθώς είμαι beta tester στο folding@home).
Παρακάτω η ανακοίνωση στο forum στο section των beta testers.
Πιστεύω ότι σύντομα θα τεσταριστούν και θα ανέβουν και σε όλους τους χρήστες.
ΣΗΜΕΙΩΣΗ: Όλα τρέχουν κάτω από τον σχετικά νέο OpenMM GPU Core22 που κάνει χρήση αποκλειστικά των καρτών γραφικών - επομένως πρέπει να έχετε ενεργοποιήσει GPU folding slot.

CORONAVIRUS PROJECTS coming to BETA

Unread postby rafwiewiora » Mon Mar 09, 2020 7:08 pm
Thank you all for your patience as we spent a week deciding on how to best use the awesome extra power we've gotten from all you folks wanting to help out with the coronavirus effort. We've settled on 6 projects for now, and there's a lot of new biochemistry data coming in that we'll most likely set up more projects with.

Here are short descriptions of the projects -- please give us a few more days to get you a full blog post explaining more biochemistry and what your work can achieve with these projects. In general, we're looking for alternative conformations and hidden pockets within the most promising drug targets, which can only be seen in simulation and not in static crystal / cryo-EM structures. There's some very fresh drug screening data coming out now for some of these, which we'll use to validate the simulations and help direct the screening efforts -- collecting as much data, as rapidly as possible will be crucial, and thank you again for making that possible!

All projects are using the new OpenMM GPU Core22.

11741: Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) receptor binding domain in complex with human receptor ACE2. atoms: 165550, credit: 15396

11742: Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) protease in complex with an inhibitor. atoms: 62227, credit: 9405

11743: Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) protease - potential drug target. atoms: 62180, credit: 9405

11744: Coronavirus SARS-CoV (SARS causing virus) receptor binding domain trapped by a SARS-CoV S230 antibody. atoms: 109578, credit: 7608

11745: Coronavirus SARS-CoV (SARS causing virus) receptor binding domain mutated to the SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) trapped by a SARS-CoV S230 antibody. atoms: 110370, credit: 7685

11746: Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) receptor binding domain in complex with human receptor ACE2 (alternative structure to 11741). atoms: 182699, credit: 16615

[skel]

έχω μπει και εγώ στο project

αυτά που μας ενδιαφέρουν είναι με 1174Χ

[villager]

Παιδιά να ξανά αναζωπυρώσουμε το ενδιαφέρον των μελών και team rank!!!
Και εγώ χρονιά τώρα το έχω παρατήσει άλλα πλέον με την "ευκαιρία" του cov είπα να ξανά μπω. Μπορώ να πω πως ο νέος client αρκετά κάλος και εύκολη η διαδικασία.

Σύμφωνα με https://github.com/FoldingAtHome/coronavirus =



1. Κατεβάζουμε https://foldingathome.org/start-folding/
2. Επιλέγουμε "any disease"
3. https://client.foldingathome.org/ όταν τρέχει ο client μπορούμε να μπούμε από browser. Σε chrome δικό μου για κάποιο λόγο δεν δουλεύει, firefox ok!
4. Στατιστικά = https://stats.foldingathome.org/teams, ίσως δυσλειτουργεί και να επηρεάζει και την υπογραφή μας εδώ στο forum. Θα επανέλθω με οδηγίες.

Υπόψη πως τελευταία έχουν θέματα με μεγάλη ζήτηση/συμμετοχή του κόσμου και προσπαθούν να αυξήσουν τα resources από την δίκη τους μεριά, λίγη υπομονή!

[BlueChris]

Να ρωτήσω κάτι. Όλο το έργο είναι μόνο για gpu? Στη δουλειά έχω 8 σέρβερ όλα με 2 xeon με μικρότερο στα 2.6ghz συν 2 ryzen 3700 στο γραφείο μου χωρίς σοβαρές κάρτες γραφικών.
Αξίζει τον κόπο να τα στριμώξω ή όχι?

[alekan]

Νομίζω ότι οι μεγάλες κάρτες διαλύουν κυριολεκτικά ακόμα και τις τελευταίες cpu, αν το θέσουμε με ανταγωνιστικούς όρους, αλλά εσύ βάλε τα να δουλεύουν. Βάλε και τις έστω υποτυπώδεις gpu στο κόλπο.

[BlueChris]

Νομίζω ότι οι μεγάλες κάρτες διαλύουν κυριολεκτικά ακόμα και τις τελευταίες cpu, αν το θέσουμε με ανταγωνιστικούς όρους, αλλά εσύ βάλε τα να δουλεύουν. Βάλε και τις έστω υποτυπώδεις gpu στο κόλπο.

Το έβαλα στα ryzen... σαν BlueChris και 36673 Ομάδα σωστά?

Edit: ο κάθε client μπορεί να έχει το ίδιο username?

[villager]

Ναι κάθε client το ίδιο username και team.

[BlueChris]

Ok τα έβαλα και μπορώ να βάλω παραπάνω... κάνω τίποτα? στο foldingathome.org δεν βλέπω stats πουθενά, βγάζει bad gateway...

[Veldrin]

Stats ούτε εγώ βλέπω προς το παρόν, αλλά αυτό λίγη σημασία έχει.

Ώρα να χρησιμοποιήσουμε τις κάρτες μας για καλό σκοπό.

[ArtyX]

Από ότι φαίνεται η πανδημία του Corona Virus έφερε ξαφνική και μαζική συμμετοχή στο F@H με αποτέλεσμα να μην υπάρχουν αρκετά WU για όλους (εμένα δουλεύουν οι 2 κάρτες γραφικών στο 30% τις τελευταίες 2 ημέρες), όπως επίσης και μεγάλο φόρτο στους servers που διαχειρίζονται τα projects και τα data.
Κατά αρχήν είναι ένα... καλό πρόβλημα για την επιστήμη, ας ελπίσουμε ότι θα δημιουργήσουν γρήγορα νέα projects ώστε να μην είναι idle τα μηχανήματα.

[villager]

...ναι έχουν κάποια θέματα με τα resources τους μόλις τώρα που είδα έβγαλε στατς!!!!




Χθες παρέλαβα και για το cov project κάποια wus


Keep folding παιδιά!!!!!!!!

[galotzas]

AΑν μπορει καποιος να βοηθησει σχετικα με τα errors...

[thanos@archlinux fah]$ sudo systemctl status foldingathome.service
● foldingathome.service - Folding@home distributed computing client
     Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/foldingathome.service; enabled; vendor preset: disabled)
     Active: active (running) since Sun 2020-03-15 13:10:47 EET; 30min ago
   Main PID: 7452 (FAHClient)
      Tasks: 8 (limit: 4681)
     Memory: 5.7M
     CGroup: /system.slice/foldingathome.service
             └─7452 /opt/fah/FAHClient --config /opt/fah/config.xml --exec-directory=/opt/fah --data-directory=/opt/fah

Mar 15 13:27:14 archlinux FAHClient[7452]: 11:27:14:WARNING:WU00:FS00:Failed to get assignment from '18.218.241.186:80': No WUs available for this configuration
Mar 15 13:27:14 archlinux FAHClient[7452]: 11:27:14:ERROR:WU00:FS00:Exception: Could not get an assignment
Mar 15 13:36:42 archlinux FAHClient[7452]: 11:36:42:61:127.0.0.1:New Web connection
Mar 15 13:38:18 archlinux FAHClient[7452]: 11:38:18:WU00:FS00:Connecting to 65.254.110.245:8080
Mar 15 13:38:19 archlinux FAHClient[7452]: 11:38:19:WARNING:WU00:FS00:Failed to get assignment from '65.254.110.245:8080': No WUs available for this configuration
Mar 15 13:38:19 archlinux FAHClient[7452]: 11:38:19:WU00:FS00:Connecting to 18.218.241.186:80
Mar 15 13:38:19 archlinux FAHClient[7452]: 11:38:19:WARNING:WU00:FS00:Failed to get assignment from '18.218.241.186:80': No WUs available for this configuration
Mar 15 13:38:19 archlinux FAHClient[7452]: 11:38:19:ERROR:WU00:FS00:Exception: Could not get an assignment
Mar 15 13:38:31 archlinux FAHClient[7452]: 11:38:31:88:127.0.0.1:New Web connection
Mar 15 13:39:21 archlinux FAHClient[7452]: 11:39:21:110:127.0.0.1:New Web connection

[villager]

AΑν μπορει καποιος να βοηθησει σχετικα με τα errors...

Νομίζω δεν έχουν άλλα WU να στείλουν ή άπλα κολλάει το backend τους καθώς γίνεται ένας χαμός λίγο με τη ζήτηση!! Άφησε το κάποια στιγμή θα τραβήξει κάποιο διαθέσιμο project αρκεί να το έχεις any disease!

[Veldrin]

Εγώ θα έκανα uninstall/reinstall τον client. Ποτέ δε μου αργεί πάνω από 3-4 λεπτά να τραβήξει νέο προτζεκτ, και το τρέχω σε 2 μηχανάκια με GTX1070 και ένα με MX150

[NT1G]

Ξέμειναν από projects;